Witam kolejnego fana HV.
Po co aż 16 zwojów na pierwotnym? Zmniejsz do okolic 12, jak układ zacznie działać stabilnie z pełną mocą możesz ostrożnie schodzić niżej.
Pokaż przebiegi na tranzystorach mostka, obecne nie wiele mówią.
Jeżeli chodzi o wykonanie mostka,niedobrze z tym pająkiem (sam popełniłem niegdyś ten błąd), powinieneś minimalizować długość połączeń. Radiatory przyciśnięte na klucze od strony plastikowej części obudowy nic nie dadzą - tworzywo bardzo słabo przewodzi ciepło. Usuń je, ułatwisz sobie ułożenie elementów mostka.
Diody wiszące w powietrzu mi się nie podobają... W pełnym mostku płyną spore prądy, te małe Shottky których użyłeś mogą nie wytrzymać, daj w ich miejsce jakieś solidniejsze, najlepiej w obudowie TO-220 i niewielki radiatorek do nich. Tak samo diody bocznikujące zaopatrz w niewielkie radiatory...
Ścieżki na płytce mostka też "trochę" cienkie.
W mostku masz kondensatory MKS4? Do wymiany - wysoka stratność a więc ESR, kiepskie dV/dt... One kompletnie nie nadają się do pracy w obwodach impulsowych, przy uruchomieniu z pełną mocą prawdopodobnie ulegną zniszczeniu, nie należy ich stosować nawet jako snubberów. Użyj w ich miejsce solidnych, wysokoprądowych kondensatorów, np. WIMA MKP10.
Zmniejszyłbym górny zakres częstotliwości interruptera do 1kHz, a dolny duużo niżej.
Ten rdzeń na GDT to na pewno TN-29? Nie TX-42 przypadkiem?

Przewody między GDT a resztą elektroniki obowiązkowo skręć w pary i skracaj do minimum.
Antenka powinna być w pobliżu rezonatora, ale bez przesady. Ważne żeby to był przewód w grubej izolacji (dobrze spisują się kable anodowe trafopowielaczy), bez ostrych krawędzi - inaczej może dojść na nim do zapalenia koron. Może spokojnie sięgać do 1/3 wysokości rezonatora, pewnie da radę także niżej.
Przekładnik nawijasz na rdzeniu z materiału 3E25, np. 3 zwoje pierwotne, 70-100 wtórnego. Pierwotne podłączasz między dolną końcówkę rezonatora a uziom, wtórne jedną końcówką do masy sterownika, zaś drugą w miejsce antenki.
Po co Ci aż cztery napięcia w sterowniku?
D7 i D8 na takie napięcie, zaraz przy ograniczniku diodowym na 5V nie mają sensu...
Jesteś pewien, że torus wykonałeś z rury Φ16cm? Jeżeli tak, to jest on ogromny (i raczej zbyt duży dla SSTC).