Kondensator wyliczasz do transformatora który masz, stąd dla różnych konstrukcji będą inne. Nie zgapiaj od innych, bo nie tędy droga.

Dla Ciebie optymalne będą okolice 12nF (zakładając trafo 2x4,5kV gdyż najprawdopodobniej takowe zakupiłeś, ale dobrze by było gdybyś nam je dokładnie pokazał żeby to ocenić). Co do kondensatora - napięcie pracy i pojemność to nie wszystko, musi jeszcze wytrzymać duże prądy układu rezonansowego... Potrzeba nam wiedzieć dokładnie co to za kondensator, jakiego typu itd. Co do napięcia... Przy zasilaniu 9kVrms 25kV to nie jest nawet na styk, maksymalne napięcie jakie może pojawić się na kondensatorze będzie wynosiło ok. 25,5kV, a przydałby się zapas... Czasem zaleca się nawet dobór kondensatora na 3*Vp zasilania, tutaj to by było aż 38kV.
Za duży kondensator może przeciążać transformator zasilający, za mały będzie ograniczał osiągi i powodował anomalie(w uproszczeniu).
Co rozumiesz przez ostatnie zdanie? Chodziło Ci o częstotliwość wyładowań, czy częstotliwość rezonansową?
Jeśli znasz angielski, zajrzyj tutaj:
http://www.richieburnett.co.uk/ Sporo użytecznych informacji o różnych typach cewek iskiernikowych (a nawet trochę o SSTC).